Во времена 1-го Четсанга Ринпоче, Кончога Ринчена (1590–1655), туматские монголы заявляли права на тибетские земли и имущество, так как 4-й Далай-лама был потомком туматского клана. Таким образом, дрикунгпинцы вновь оказались втянутыми в вооружённый конфликт, и крепость Дрикунг Дзонг пала под натиском монгольских войск. Весь регион Дрикунга оказался в столь разрушающем состоянии, что Кончог Ринчен долгое время не мог там жить. Когда цангский царь Пхунцог Намгьял сумел оттеснить монголов, Кончог Ринчен в очень короткий срок в 1624 году восстановил Дрикунг Дзонг и назвал новое здание Намгьял Чодзонг. Но война продолжалась — с войсками Гушри-хана, правителя хошоудов, закрепившего власть в Центральном Тибете за 5-м Далай-ламой (1617–1682), который одержал решительные победы над своими противниками. Гелугпа продвигалась к господству по всей стране. Далай-лама установил верховенство гелугпа над другими школами тибетского буддизма, проявляя особую строгость по отношению к Карма Кагью. В Дрикунге не осталось ничего от бесчисленных деревень, кроме их названий. Монастыри и дворянские резиденции стали жертвами разорений монгольской армии, как и недавно построенный Намгьял Чодзонг.
Посреди этой эпохи разрушений и разорения Дрикунг стал широко известен как почитаемый и одновременно грозный центр магии. Эта репутация восходит к деятельности брата Кончога Ринчена, 1-го Чунгтсанга Ринпоче, Ригдзина Чодрака. Ригдзин Чодрак основал важную школу астрологии и гадания в Дрикунге и был также основателем дрикунгской системы медицины, одной из четырёх медицинских традиций Тибета.
При 2-м Четсанге, Кончоге Тринле Сангпо (1656–1718), была введена традиция интронизации Кьябгонгов Ринпоче в монастыре Дрикунг Це. Тринле Сангпо основал одну из четырёх великих школ живописи Тибета — так называемый дририйский стиль Дрикунга. В год Змеи 1677-го он ввёл учения о Змеиных циклах на току́шке в Дрикунг Це, где давал посвящения и наставления по Чакрасамваре и Гухьясамаджа-тантрам. В 1681 году он почти полностью восстановил монастырь Янгригар, так как тот был сильно разрушен бесконечными войнами. Сегодня он почитается как основатель этого монастыря. Он также начал восстанавливать Дрикунг Дзонг в разгар очередного монгольского вторжения в 1717 году, когда джунгары захватили Лхасу и сожгли и разграбили многочисленные монастыри ньингма.
Тринле Сангпо долгое время направлял линию, потому что перевоплощение Чунгтсанга, признанное 10-м Кармапой, умерло от оспы до того, как его смогли доставить в Дрикунг. Таким образом, Чунгтсангу пришлось ждать до 1704 года, когда переродился Тринле Дёндруп Чокьял (1704–1754), ставший известным как новый Дрикунг Бхандэ Дхармараджа, основавший несколько новых монастырей. В своём труде «Драгоценное сокровище советов» он кратко изложил всю структуру буддийского пути согласно как Сутраяне, так и Тантраяне.
3-й Четсанг, Кончог Тензин Дродул (1724–1766), прожил жизнь, омрачённую распрями в его монастырях. Он сознательно отошёл от активной деятельности и почти всё своё время проводил в медитации в своей комнате во дворце Тролунг. Тензин Чокьи Ньима, 3-й Чунгтсанг (1755–1792), сын знатной семьи из Джангюля, также не сумел изменить это положение дел, хотя и приложил все усилия для обновления монастырей и очищения дисциплины. 4-й Четсанг, Тензин Пеме Гьялцен (1770–1826), прославился как автор биографической истории держателей трона Дрикунг Кагью, «Мастера Золотых четок». Когда 4-й Чунгтсанг, Тензин Чокьи Гьялцен (1793–1826), умер в том же году, что и Пеме Гьялцен, возникла необходимость в регенте — Лочене Чокьи Лодро (1801–1859), чтобы направлять линию.
Кончог Чёни Норбу (1827–1865), 5-й Чунгтсанг, и Кончог Тукдже Ньима (1828–1885), 5-й Четсанг, были возведены одновременно на красный трон Джигтена Сумгона близ монастыря Дрикунг Тхил. Во время их правления сики завоевали Ладакх и заняли три провинции Нгари. Монастыри Дрикунга в Ладакхе и около горы Кайлаш сильно пострадали в этих конфликтах. Тем не менее линия Дрикунг процветала в этот период. Тукдже Ньима считался необычайно учёным человеком, особенно сведущим в медицинских вопросах, но был втянут в интриги монастырских чиновников. В конце концов Четсанг Тукдже Ньима был вынужден вмешательством тибетского правительства отречься от трона в 1854 году. В наказание золотая крыша храма в Дрикунг Тхил была снята и перевезена в Лхасу, а некоторые владения Дрикунг Кагьюпа были конфискованы, что привело к острой нехватке продовольствия. Тукдже Ньима отправился тайно в паломничества к горе Кайлаш из своего изгнания в Цанге и давал учения и посвящения в других местах. Пять лет спустя он получил разрешение от тибетского правительства вернуться в Дрикунг.
Когда Чунгтсанг Чёни Норбу умер в 1865 году, монастырские чиновники начали плести интриги против Тукдже Ньимы снова. Тукдже Ньима был вынужден вновь покинуть своё место в Дрикунг Тхил и удалился в Тролунг на остаток своей жизни. Многие его последователи впали в глубокое отчаяние, тогда как он принимал все трудности с открытым сердцем, наполненным бодхичиттой и глубокой серьёзностью. Дважды за свою жизнь Тукдже Ньима становился жертвой клеветы и монастырских игр власти. Несомненно, это была одна из самых печальных глав в истории линии Дрикунг Кагью.
6-й Чунгтсанг, Тензин Чокьи Лодро (1868–1906), был необычайно высоким и внушительным на вид. Он написал два обстоятельных путеводителя по святым местам своих паломничеств к горам Кайлаш и Лапчи. Его два труда по географии проливают свет на концепцию религиозной географии в тибетском буддизме. Во время пребывания в регионе Кайлаш он основал монастырскую общину в Пунцолинге в восточном Ладакхе и признал 9-го Тогдена Ринпоче как духовного лидера дрикунгских монастырей в Мангьюле (Ладакх). Вместе с молодым Четсангом, Тензином Шиве Лодро (1886–1943), он посетил Лхасу в 1893 году, где двум Кьябгонам Ринпоче был пожалован маньчжурский титул «хутухта». С тех пор Дрикунг Кьябгоны всегда носили золотую шапку во время официальных поездок, согласно древнему пророчеству 1-го Чунгтсанга Ригдзина Чодрака о том, что в будущем они будут носить золотую шапку.
Основным интересом Шиве Лодро было объединение медитативной практики и философского учения, поскольку они являлись центральными столпами образования и подготовки в традиции Дрикунг Кагью. Он также приобрёл широкую известность благодаря своим ясновидческим способностям.
Он организовал реставрацию монастыря Янгригар и строительство здания для хранения деревянных печатных блоков, использовавшихся для печати буддийских текстов, а также ввёл первый комитет в Дрикунг Тхил для улучшения монастырского управления. Однако низкий уровень образования в его монастырях оставался его главной заботой. В 1932 году он основал академию высших буддийских исследований Ньима Чангра.
После безвременной смерти 7-го Чунгтсанга, Тензина Чокьи Джунгне (1909–1940), Шиве Лодро впал в глубокую скорбь и вскоре после этого, во время поездки в Кхам, перенёс инсульт, от которого не оправился. Остаток жизни он провёл в медитации до своей смерти в 1943 году. После него регентом стал Трицаб Гьябра (1924–1979). Под его руководством нынешние перевоплощения 8-го Чунгтсанга и 7-го Четсанга Ринпоче были найдены и возведены на трон как 36-й и 37-й держатели линии.