Несколько ранних держателей трона Дрикунг Денрабов достигли известности, среди них Ченга Дракпа Джунгне (1175–1255), сердечный сын Джигтена Сумгона, которому было поручено руководство монастырём Пхагмодрукпы, Денса Тхил. Он повёл монастырь в новый период расцвета и в 1235 году занял трон Дрикунга. Он вёл орден через трудные времена с спокойной и твёрдой рукой. Когда тибетцы восстали против монгольского владычества и перестали платить дань, Огедей (1186–1241), сын и преемник Чингисхана (1162–1227), приказал провести ужасную карательную акцию в 1239 году.
Монгольские войска сожгли множество монастырей, среди них монастырь Ретинг (rwa sgreng), где они убили 500 монахов, а затем направились к близлежащему Дрикунгу. Светский правитель Дрикунга выступил против них, был взят в плен и должен был быть казнён. Говорят, что камни обрушились с неба, когда Дракпа Джунгне поспешил к монгольским войскам из Дрикунг Тхил. Возможно, это был сильный град. В любом случае его мужественное вмешательство привело к мирному соглашению с монголами. Жестокое нападение на монастырь Ретинг, по-видимому, было задумано как предупреждение для Дрикунга. Но Дрикунг избежал столкновения с непредсказуемым исходом и поднялся до уровня крупной силы в Центральном Тибете.
Кунга Гьялцен, позже известный как Сакья Пандита (1182–1251), заключил пакт с Годан-ханом, генералом Огедея, согласно которому Тибет признал монгольское владычество и согласился платить дань. Однако соглашение, достигнутое Кунгой Гьялценом с могущественным соседом Тибета, не встретило единодушной поддержки на его родине. Многие тибетские вельможи восстали против требований дани. Монгольские войска подавили их восстание кровавой и сокрушительной битвой в 1251 году.
Племянник и преемник Кунги Гьялцена, Пхагпа Лодро (1235–1280), стал духовным учителем Хубилая Сэчена (1215–1294) - великого хана монголов с 1259 года и позднее императора. Их тесные контакты с монголами позволили школе Сакья занять политическое руководство в Тибете, в то время как попытки Карма Кагью заручиться поддержкой монголов оказались безуспешными. В 1275 году Хубилай-хан пожаловал Пхагпа Лодро провинции У и Цанг, а также Кхам и Амдо в качестве феодальных уделов. Провинции были разделены на так называемые «мириархии» — административные округа, охватывавшие примерно 10 000 семей. Когда в 1279 году Хубилай стал императором Китая и основал династию Юань, он даровал Пхагпа Лодро титул «Императорского наставника». Таким образом, впервые в истории Тибета иерархическая форма правления была оформлена как отношения покровительства между императором и его духовным учителем.
Сопротивление превращению страны в систему феодальных уделов начало нарастать среди тибетской аристократии, особенно в провинциях У и Цанг в Центральном Тибете, тесно связанных с Дрикунгом, Пхагдру и Карма Кагью. В то же время монгольские племена вели борьбу за власть и земельные владения между собой. К этому времени Дрикунг значительно усилился. Существуют сведения, что уже при правлении 5-го держателя трона, Чунг Дордже Дракпы (1210–1278), огромное количество монахов стекалось в монастыри Дрикунга. После смерти великого хана Мункэ в 1259 году Хулагу (ок. 1217–1265), брат и соперник Хубилая, стал покровителем ордена Дрикунг Кагью и послал небольшой монгольский отряд в Дрикунг для обеспечения их безопасности и защиты.
Однако вскоре соперничающие монгольские группы вступили в конфликт друг с другом на тибетской земле, что позже вошло в историю как война между Дрикунгом и Сакья. Это не была «религиозная война» или вражда между двумя школами тибетского буддизма, как часто утверждается, а скорее попытка нескольких провинций Центрального Тибета восстать против господства, навязанного им Хубилаем при поддержке соперничающих монгольских группировок. Сам же местный конфликт был сосредоточен на спорах о преемственности в монастыре Пхагмодрукпы в Денса Тхил. Здесь ветви семейной линии Ланг-клана преследовали различные интересы. Одну сторону поддерживали сакьяпинцы, другую — дрикунгпинцы. Война вспыхнула при 7-м держателе трона, Цамче Дракпе Соннаме (1238–1286). В 1290 году, при его преемнике Нуб Чого Дордже Йеше (1223–1293), монастырь Дрикунг Тхил был разрушен монгольскими войсками. Эта катастрофа не стала неожиданностью для местного населения. Так как Дордже Йеше не принадлежал к клану Кьюра, а был из клана Нуб, он не имел поддержки в трудные времена, из-за распространённого мнения, что это не соответствует воле основателя линии — для постороннего клана занимать трон Дрикунга.
Монастырь Дрикунг Тхил был восстановлен при 9-м держателе трона, Чуни Дордже Ринчене (1278–1314), при поддержке императора и Сакьяпа. Но могущественное влияние, которое монастырь оказывал на протяжении десятилетий в Тибете, исчезло. Дордже Ринчен установил новое правило трёхгодичных периодов для монашеских учений.
Хотя в основном преподавались философские тексты линии и основы буддизма махаяны весной и осенью, в летних учениях излагался Пятичастный путь Махамудры. Зимой, облачённый лишь в лёгкие хлопковые одежды, Дордже Ринчен преподавал Шесть йог Наропы на большой террасе перед главным храмом Дрикунг Тхил.
В XIV веке Пхагмодрукпа взяли на себя светское руководство в Центральном Тибете. Речь здесь идёт не о школе тибетского буддизма с тем же названием, находившейся в состоянии упадка, а о правителях клана Ланг, тесно связанных с орденом Пхагдру. Центральной фигурой этой эпохи был Джангчуб Гьялцен (1302–1373), искусный политик и одновременно монах Пхагдру Кагью. Он привёл страну к большей независимости и создал новую систему управления. Его реформы обострили отношения с Дрикунгом, что привело к вооружённым конфликтам с Пхагмодрукпой. После первоначальных успехов дрикунгпинцы были вынуждены принять несколько тяжёлых поражений на поле боя и смириться с властью Пхагмодрукпы в северном У. К концу жизни Джангчуба Гьялцена дрикунгпинцам удалось вновь восстановить автономию своих земель. В это время в Азии происходил перелом в балансе сил — падение династии Юань и возвышение династии Мин (1368–1644) как императорского дома Китая. Но монголы всё ещё оставались силой, с которой должны были считаться и Тибет, и императоры Мин.
В разгар этих потрясений Ченга Чокьи Гьялпо (1335–1407), 11-й держатель трона, попытался вновь поднять духовный уровень ордена Дрикунг. Он заказал перепись Кангьюра из Нартанга и заново отредактированной версии Тенгьюра. Цонгкапа (1357–1419), основатель школы Гелуг, прибыл из Амдо в Дрикунг в 1373 году и стал учеником Чокьи Гьялпо. Его семья поселилась в деревне примерно в 40 километрах от монастыря. Цонгкапа получил в Дрикунге учения по Шести йогам Наропы, а также по всем внешним и внутренним текстам Джигтена Сумгона.